水资源利用结构性失衡。尽管我国水电开发严格监管，取得显著成效。但中小水电站建设混乱、开发无序现象仍然突出。另外，水资源费过低难以体现水资源的稀缺性。再有，水权界定不清，导致水电开发与生产生活用水之间产生矛盾。

    水利设施配置结构性失衡。水利建设“重大轻小，重骨干轻配套”等现象依然存在。原因在于中央财政负责骨干水利设施建设，小型农田水利设施建设则由地方政府和农民个人承担，而地方财政困难以及农民缺乏投资动力，结果是水利设施的“毛细血管”不完善，功能作用得不到应有的充分发挥。

    水资源浪费和紧缺现象并存。一是农业发展中对节水重视不够，目前全国节水灌溉面积仅占有效灌溉面积的41.8%，占全部耕地面积的比重则只有18.4%。二是传统漫灌仍是主要灌溉方式，灌溉用水有效利用系数仅为0.48。三是节水型和耗水型农业产业结构不合理，缺水的北方地区主要种植耗水量大的粮食作物，导致区域性农业用水供求失衡的矛盾尤其突出。水资源相对丰富的南方地区，由于受耗水型农业快速扩张与水利工程效率降低双重影响，农业用水不足矛盾也愈益突出。

    农业水利设施管护主体不明确。农民作为最重要的利益主体，缺乏参与水利设施管护的政策激励，管护责任难以落实。导致水利工程难以持续高效运行，甚至出现“前建后损”现象。一方面投入大量人、财加强水利基础设施建设，另一方面却难以实现水资源高效利用。

    当务之急是在确保投入增长的基础上，大力推动水利体制机制改革，加强“硬件”同时，加强“软件”，从根本上补齐水利这一短板。

    加快完善河流规划体系，建立科学开发机制。强化水资源的统一管理，有效地实施水资源有偿使用制度，建立起更有效率的水资源科学开发利用的激励和约束机制。

    构建水利建管激励机制，提高工程节水设施建设力度。采取政府采购或报账制的小农水建设维护筹资制度，构建科学合理的融资机制。建立“问需于民、问计于民”的项目形成及决策机制，使农民全程参与设施建设，激励用水农民建设和维护水利设施的积极性。同时，明确界定各级渠道的使用权属和收益权属，探索建立管护费用、维修费用的财政补贴机制。

    科学制定农水配额制度，完善农业水价体系。根据不同农业生产情况，充分考虑农民心理承受能力，制定科学的农水配额制度。对节约用水者给予奖励，允许其将节约出的水资源通过市场交易，以激励农民节水积极性。

    注重工程性节水与非工程性节水有机结合。调整农业生产的空间布局，以水资源丰枯情况在全国范围内调整种植业结构。同时通过农业技术进步和产品结构优化，减少高耗水、低效益作物种植面积，加强节水品种的示范推广。